#Ruby: 50 characters (1020 characters output)
s="";999.downto(0).map{|i|s[n=i.to_s]||s+=n};$><<s
Sample run:
bash-4.1$ ruby -e 's="";999.downto(0).map{|i|s[n=i.to_s]||s+=n};$><<s'
999998997996995994993992991990988987986985984983982981980978977976975974973972971970968967966965964963962961960958957956955954953952951950948947946945944943942941940938937936935934933932931930928927926925924923922921920918917916915914913912911910908907906905904903902901900888887886885884883882881880877876875874873872871870867866865864863862861860857856855854853852851850847846845844843842841840837836835834833832831830827826825824823822821820817816815814813812811810807806805804803802801800777776775774773772771770766765764763762761760756755754753752751750746745744743742741740736735734733732731730726725724723722721720716715714713712711710706705704703702701700666665664663662661660655654653652651650645644643642641640635634633632631630625624623622621620615614613612611610605604603602601600555554553552551550544543542541540534533532531530524523522521520514513512511510504503502501500444443442441440433432431430423422421420413412411410403402401400333332331330322321320312311310302301300222221220211210201200111110101100
Test run:
bash-4.1$ ruby -e 's="";999.downto(0).map{|i|s[n=i.to_s]||s+=n};$><<s' | ruby -ne 'p (0..999).reject{|i|$_[i.to_s]}'
[]