##GolfScript (41 chars)

    1000,100>{10base[{.(+}2*]$0=}%.&10,1/+$0.

Output is

    000100200300400500600700800901101201301401501601701801902102202302402502602702802903103203303403503603703803904104204304404504604704804905105205305405505605705805906106206306406506606706806907107207307407507607707807908108208308408508608708808909109209309409509609709809911111121131141151161171181191221231241251261271281291321331341351361371381391421431441451461471481491521531541551561571581591621631641651661671681691721731741751761771781791821831841851861871881891921931941951961971981992222223224225226227228229233234235236237238239243244245246247248249253254255256257258259263264265266267268269273274275276277278279283284285286287288289293294295296297298299333333433533633733833934434534634734834935435535635735835936436536636736836937437537637737837938438538638738838939439539639739839944444454464474484494554564574584594654664674684694754764774784794854864874884894954964974984995555556557558559566567568569576577578579586587588589596597598599666666766866967767867968768868969769869977777787797887897987998888889899999900

(1029 chars) I'm not sure why the output is longer than 1002 chars: this should be a de Bruijn sequence generated by concatenating Lyndon words.